A FERTAGUS é o primeiro operador privado a assegurar a gestão e exploração comercial de uma linha ferroviária em Portugal, mediante o pagamento à REFER de uma taxa pela utilização das infraestruturas, sendo também a primeira vez que este mecanismo foi introduzido no sistema ferroviário português. A empresa assegura a exploração da ligação ferroviária, a segurança, manutenção dos comboios e de algumas das estações da Margem Sul (do Pragal a Penalva), sendo também responsável pela venda de títulos de transporte de Eixo Ferroviário Norte/Sul, assim como pelo recrutamento, formação e gestão de toda a equipa que opera nos comboios e nas estações. A FERTAGUS serve atualmente 14 estações numa extensão de linha com cerca de 54 km. Dez na Margem Sul: Setúbal, Palmela, Venda do Alcaide, Pinhal Novo, Penalva, Coina, Fogueteiro, Foros de Amora, Corroios e Pragal, e quatro na Margem Norte: Campolide, Sete Rios, Entrecampos e Roma-Areeiro. As estações do Sul geridas pela Fertagus, estão dotadas de um elevado número de espaços comerciais, parques de estacionamento e ainda ligações a outros meios de transporte. Hoje, a FERTAGUS é responsável por cerca de 85 mil deslocações diárias e, ao fim de 10 anos de operação, continua a crescer. O grande desafio para o futuro consiste em continuar a demonstrar que o transporte público é uma alternativa de qualidade, consolidando a posição de melhor e mais importante agente de Mobilidade da Península de Setúbal e caminhando para uma articulação cada vez melhor com os restantes operadores de transportes, num sistema que se constitua como a mais eficaz alternativa ao transporte individual.